DNA کروموزومی باکتری اشریشیاکلی با داشتن حدود 5 میلیون جفت باز و بیش از یک میلی متر طول، باید به میزان زیادی متراکم شود تا در فضای محدود داخل سلول قرار گیرد. اولین مرحله در بسته بندی ژنوم باکتری با استفاده از پلی آمین هایی نظیر اسپرمین و اسپیرمیدین صورت می گیرد. بعلاوه، تعداد زیادی از مولکولهای پروتیینی با اندازه کوچک بنام پروتیین های شبه هیستونی در باکتری ها منجر به تاخوردن مولکول DNA در ساختمان بسیار متراکم می شوند. چندین پروتیین شبه هیستونی از جمله پروتیین های HU, IHF, H-NS, HLPI, H و FIS در باکتری ها شناسایی شده اند که علاوه بر شباهت های کلی، هر کدام ویژگی های ساختمانی، وظایف و نقش های مختلفی را در باکتری ها بر عهده دارند. از جمله می توان به نقش آنها در شروع همانندسازی، کنترل و تنظیم نسخه برداری (به عنوان فعال کننده یا ممانعت کننده) و نوترکیبی در جایگاه اختصاصی اشاره نمود.